Depuis des années pour faire mes sauvegardes de mon pc (sous linux) j'utilise le super logiciel libre Back In Time
C'est un logiciel qui permet (entre autre) de faire de la comparaison de sauvegarde
Par exemple si vous sauvegarder 2 fois un dossier de vidéo de vacance, la première fois il sauvegardera la totalité des données, la 2eme fois il comparera les différents avec la version originale et ne sauvegardera que les différences (nouveaux fichiers et fichiers modifiés) et pour les fichiers qui ont été effacé il notera qu'il est effacé mais n'effacera pas le fichier dans la version précédente
Ici en passant d'Ubuntu 14.10 à Ubuntu 15.10, lors du lancement du programme il ne voyait plus les anciennes sauvegardes... un problèmatique 
Je regarde mes fichiers de configuration mais c'est en ordre
Je regarde sur le site web, il y a eut quelques versions plus a jour. Et en l'installant le problème est réglé
Donc l'installation pour ubuntu c'est l'ajout d'un dépot externe
sudo add-apt-repository ppa:bit-team/stable
Puis un petit recherche des mises à jour, on l'installe et c'est bon